下のYouTubeは裸足と靴を履いた時の走り方の違いを見せてくれています。
英語にはなりますが、凄く分かりやすいので見てみて下さい。
最近の靴を見ていると、傾向は二極化しているのかな?と思います。
一つは素足に近い状態の靴で、もう一方は靴によりエクササイズの効果を高めたり歩き方が矯正されるように意図された靴。

素足に近い靴の例としては、Nike FreeやVibramのFiveFingers。AdidasやPumaなども軽くてクッション性が少なく、インソールが柔らかい靴がでていますね。僕自身、VibramのFiveFingersはアメリカにいた時から履いていたのですが、最近は日本でも見かけるようになりました。裸足に近い感覚で歩ける、走れるので、慣れると普通の靴には戻れない感じです。足の間の内在筋が使える感じがしますね。

次に、エクササイズ効果を高める代表格は、MBTやReebokのEasyToneでしょう。これらは、靴の底を不安定にする事で筋がより働く状態を作りだし、エクササイズ効果を出そうというコンセプトです。
さて、ここで良く理解しておいてもらいたいのが、これらの靴はエクササイズのような感覚で履く必要があるという事です。足が不安定な状態を作り出すというのは、身体にとっては「強張る」状況を作りだすので、エクササイズの効果はあるかも知れないですが、長期的にその状態が続くのは身体にとっては良い事ではありません。そこを理解しないで常にこれらの靴を履いていると、身体に異常が出てくる事が多いので注意が必要です。
また、ハイヒールなども同じ事が言えます。ファッション性や仕事の関係で履かざるを得ないのは仕方がないと思いますが、踵が常に高い状態だと、ふくらはぎの後ろから、身体の後ろのラインが硬くなってきます。つま先も細くなっているため、足を十分に広げる事が難しくなるので、履かなくて良い時は素足に近い状態でリセットできるようにしてあげる必要があると思います。
最後に、どちらの場合でもそうですが、人の身体は適応するのに時間がかかります。プログレッション(徐々に負荷をあげていくこと)が大切なので、新しい靴に変えた時などはいつもより負荷を低くしたり時間を短くしてあげる事が大事です。
靴屋さんに行った時に色々見てみて下さい。